На дне океана Люпин снова ищет сокровище, надеясь завоевать расположение Фудзико Минэ. Пока Коити Дзэнигата преследует их по морю и суше, люди вокруг банды начинают таинственно исчезать. Сгущается туман, и во вспышке света появляется Мамо Кёсукэ Мамо Кеске; он утверждает, что он из будущего и стремится отомстить Арсену Люпену Арсен Люпен III за то, что Люпин Гоэмон Исикава XIII сделал с ним. Мамо отправляет Люпина, Дзигэна, Гоэмона и Дзэнигату на 500 лет в прошлое; пока две враждующие группировки сражаются за легендарное святилище, посвященное путешествиям во времени, Люпин должен найти способ пережить прошлое, чтобы обеспечить свое будущее.