Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка, но для него эти победы уже не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая "Энтерпрайз", и эта потеря невосполнима. В то же время Керку угрожает потеря еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок. Внезапный визит Зарека, отца Спока, проливает свет на ситуацию и дает Керку надежду - Спок жив и его разум в настоящий момент помещен в тело Мак-Коя. Чтобы помочь своим друзьям, Керк угоняет свой уже предназначенный на слом корабль и нарушает карантин, установленный Федерацией, на планете Генезис, где работает научная экспедиция под руководством его сына Дэвида. В это же время о существовании планеты Генезис узнают Клингоны, и их боевой корабль под командованием Крюге направляется к планете Генезис. Их встреча неизбежна...
